감염내과는 세균, 바이러스, 곰팡이, 리케치아, 기생충 등 다양한 미생물에 의한 감염질환의 진단, 치료, 예방을 담당하며, 병원 내 감염의 예방과 관리를 하고 있다. 따라서 균에 의한 감염이 의심되거나 열이 나는 환자는 감염내과에서 적절한 진단과 치료를 받을 수 있다. 각 장기의 감염을 그 장기를 다루는 특정과에서도 치료를 하지만 감염내과는 미생물의 특성과 항생제 내성에 중점을 두고 치료를 한다는 점에서 다른 과와 일부 차이가 있다. 특히 감염이 여러 장기에 발생한 환자나 내성균에 감염된 환자 또는 면역 저하 환자는 감염내과 진료를 받는 것이 권장된다.